RT-PCR就是逆轉(zhuǎn)錄PCR或稱為反轉(zhuǎn)錄PCR(Reversetranscription-PCR,RT-PCR),是以RNA為材料應(yīng)用于PCR擴(kuò)增中的一種實(shí)驗(yàn)方法。首先通過(guò)逆轉(zhuǎn)錄酶將總RNA或信使RNA(mRNA)轉(zhuǎn)錄成互補(bǔ)DNA(cDNA)。其次TaqDNA聚合酶以cDNA為模板進(jìn)行qPCR擴(kuò)增。RT-PCR已被普遍應(yīng)用于多種分子生物學(xué)應(yīng)用中,包括基因表達(dá)分析、基因測(cè)試、RNA干擾驗(yàn)證檢測(cè)、微陣列驗(yàn)證、病原體檢測(cè)和疾病研究。RT-PCR的方法之一步法和兩步法:RT-PCR其操作方法分為兩種,即一步法和兩步法。一步法RT-PCR,逆轉(zhuǎn)錄同PCR擴(kuò)增結(jié)合在一起,即cDNA合成與PCR擴(kuò)增反應(yīng)在同一管Buffer及酶中進(jìn)行,一步完成。兩步法RT-PCR,RNA首先在反轉(zhuǎn)錄酶的作用下生成cDNA,再以cDNA為模板進(jìn)行PCR擴(kuò)增,分成兩步進(jìn)行。逆轉(zhuǎn)錄可用于新型病毒的檢測(cè)。南京彩色反轉(zhuǎn)錄企業(yè)
反轉(zhuǎn)錄酶的注意事項(xiàng),隨機(jī)引物:適合各種RNA的RT,尤其適合模板豐度很低的情況(比如某個(gè)gene表達(dá)量很低)。選擇隨機(jī)引物時(shí),首先鏈cDNA合成反應(yīng)中就是以所有的RNA為模板,然后進(jìn)行PCR反應(yīng)時(shí)設(shè)計(jì)引物進(jìn)行特異性擴(kuò)增。同時(shí)要注意隨機(jī)引物的量和總RNA量之間的關(guān)系,一般建議每5μg總RNA的隨機(jī)引物的用量為50ng,如果每5μg總RNA的隨機(jī)引物的用量超過(guò)250ng,可能會(huì)導(dǎo)致小片段產(chǎn)物(<500bp)的增加和長(zhǎng)片斷、全長(zhǎng)產(chǎn)物產(chǎn)物的降低。酵母菌逆轉(zhuǎn)錄酶是逆轉(zhuǎn)錄酶家族中的一個(gè)重要表示,逆轉(zhuǎn)錄在研究RNA表達(dá)調(diào)控等領(lǐng)域有普遍的應(yīng)用前景。深圳miQP2逆轉(zhuǎn)錄混合公司逆轉(zhuǎn)錄實(shí)驗(yàn)盡量避免多次凍融處理RNA樣品,避免樣品質(zhì)量下降。
RNA逆轉(zhuǎn)錄實(shí)驗(yàn)注意事項(xiàng):防止RNA模板的降解:毫無(wú)疑問(wèn),RNA質(zhì)量對(duì)cDNA合成結(jié)果會(huì)產(chǎn)生重要影響。但RNA很脆弱,易于降解。為了保證RNA的完整性,我們需要小心又小心,比如在冰上操作,用RNase-free的頭頭和離心管,減少操作時(shí)間等。在反應(yīng)體系中加入RNase抑制劑也能有效防止RNA降解。另外,建議在進(jìn)行逆轉(zhuǎn)錄前,通過(guò)瓊脂糖凝膠電泳檢查RNA條帶的質(zhì)量。通常完整的真核RNA應(yīng)包括28S、18S條帶,且28S條帶強(qiáng)度一般是18S的兩倍左右。RNA逆轉(zhuǎn)錄實(shí)驗(yàn)注意事項(xiàng):選擇合適的引物:OligodT引物和隨機(jī)引物都能進(jìn)行逆轉(zhuǎn)錄。OligodT引物只能與mRNA的3’端poly(A)結(jié)合,沒有rRNA和tRNA的干擾,特異性強(qiáng)。
逆轉(zhuǎn)錄的過(guò)程:生物體中的逆轉(zhuǎn)錄過(guò)程就比較復(fù)雜,比如逆轉(zhuǎn)錄病毒(retrovirus)。病毒是真正的“極簡(jiǎn)風(fēng)”,所有東西都?jí)嚎s到非常。比如它的基因組中,經(jīng)常有些基因是重疊、嵌套結(jié)構(gòu),充分利用每一個(gè)堿基。所以它也不會(huì)專門編碼一個(gè)引發(fā)酶來(lái)合成引物,它一般是在組裝時(shí)帶走宿主的tRNA,在下次侵染時(shí)當(dāng)作引物使用。被用作引物的tRNA會(huì)結(jié)合在病毒基因組RNA鏈的中間,所以首先次只能合成出一部分cDNA,然后利用基因組RNA兩端的一段重復(fù)序列,“跳”回另一端,完成整條鏈的逆轉(zhuǎn)錄。之后水解RNA鏈的時(shí)候,會(huì)留下一些片段作為復(fù)制的引物。雙鏈DNA的合成同樣也需要經(jīng)過(guò)一次跳躍(jump),以合成完整雙鏈。較后兩端具有相同的序列,稱為長(zhǎng)末端重復(fù)(longterminalrepeats,LTR)。LTR不只包含跳躍時(shí)用來(lái)配對(duì)的序列,還有整合信號(hào)、啟動(dòng)子、增強(qiáng)子、polyA位點(diǎn)等重要結(jié)構(gòu)。HIV病毒復(fù)制的一個(gè)重要步驟就是逆轉(zhuǎn)錄。
逆轉(zhuǎn)錄是指以RNA為模板合成DNA的過(guò)程,即將遺傳信息由RNA逆向傳給DNA的過(guò)程,其遺傳的傳遞方向與轉(zhuǎn)錄相反。反轉(zhuǎn)錄酶也可寫成逆轉(zhuǎn)錄酶又稱為依賴RNA的DNA聚合酶。是以RNA為模板指導(dǎo)三磷酸脫氧核苷酸合成互補(bǔ)DNA(cDNA)的酶。哺乳類C型病毒的反轉(zhuǎn)錄酶和鼠類B型病毒的反轉(zhuǎn)錄酶都是一條多肽鏈。鳥類RNA病毒的反轉(zhuǎn)錄酶則由兩上亞基結(jié)構(gòu)。真核生物中也都分離出具有不同結(jié)構(gòu)的反轉(zhuǎn)錄酶。RNA指導(dǎo)的DNA聚合酶活性;以RNA為模板,催化dNTP聚合成DNA的過(guò)程。此酶需要RNA為引物,多為色氨酸的tRNA,在引物tRNA3′-末端以5′→3′方向合成DNA。反轉(zhuǎn)錄酶中不具有3′→5′外切酶活性,因此沒有校正功能,所以由反轉(zhuǎn)錄酶催化合成的DNA出錯(cuò)率比較高。逆轉(zhuǎn)錄是蛋白質(zhì)的先導(dǎo)RNA的合成方式。深圳miQP2逆轉(zhuǎn)錄混合公司
逆轉(zhuǎn)錄技術(shù)應(yīng)用于人類基因組的研究。南京彩色反轉(zhuǎn)錄企業(yè)
逆轉(zhuǎn)錄引物:加尾法逆轉(zhuǎn)錄引物的結(jié)構(gòu)并不是想象中那么簡(jiǎn)單的oligodT,其包含三個(gè)關(guān)鍵結(jié)構(gòu):①為了與PolyA序列互補(bǔ)配對(duì),OligodT序列必不可少。②在OligodT序列的5端,存在一段通用序列,用于qPCR過(guò)程中反向引物與cDNA的結(jié)合。③OligodT序列的3端存在一個(gè)或兩個(gè)錨定堿基,V或者VN。(兼并堿基,V表示A、G或C,N表示ATCG中的任意一種)。如果沒有錨定堿基,逆轉(zhuǎn)錄引物中的OligodT就會(huì)隨機(jī)結(jié)合到PolyA的任意位置,這樣會(huì)造成同一miRNA的逆轉(zhuǎn)錄產(chǎn)物長(zhǎng)度不一,給較后的熔解曲線檢測(cè)帶來(lái)麻煩。因此,錨定堿基的作用就是特異性地結(jié)合到miRNA上,從而讓逆轉(zhuǎn)錄引物結(jié)合到緊挨著miRNA的那段PolyA序列上。只有這樣,才能夠保證同一miRNA的逆轉(zhuǎn)錄產(chǎn)物大小相同。南京彩色反轉(zhuǎn)錄企業(yè)