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來源: 發(fā)布時間:2024-03-16

RNA甲基化修飾(m6A)研究RNA甲基化修飾約占所有RNA修飾的60%以上,而N6-甲基腺嘌呤(N6-methyladenosine,m6A)是高等生物mRNA和lncRNAs上為普遍的修飾。目前發(fā)現(xiàn)microRNA,circRNA,rRNA,tRNA和snoRNA上都有發(fā)生m6A修飾。m6A修飾主要發(fā)生在RRACH序列中的腺嘌呤上,其功能由“編碼器(Writer)”、“消碼器(Eraser)”和“讀碼器(Reader)”決定[1]。“編碼器(Writer)”即甲基轉(zhuǎn)移酶,目前已知這個復(fù)合物的成分有METTL3,METTL14,WTAP和KIAA1429;而ALKBH5和FTO作為去甲基酶(消碼器)可逆轉(zhuǎn)甲基化;m6A由m6A結(jié)合蛋白識別,目前發(fā)現(xiàn)m6A結(jié)合蛋白(讀碼器)有YTH結(jié)構(gòu)域蛋白(包括YTHDF1,YTHDF2,YTHDF3,YTHDC1和YTHDC2)和核不均一蛋白HNRNP家族(HNRNPA2B1和HNRNPC)。m6A酶系統(tǒng)METTL3是早先被鑒定為結(jié)合SAM的組件,其缺失引起小鼠胚胎干細(xì)胞、Hela細(xì)胞和HepG2細(xì)胞中m6Apeaks的減少。METTL3及其同源蛋白METTL14定位在富含剪切因子的細(xì)胞核內(nèi)亞細(xì)胞器-核小斑(Nuclearspeckle)上,顯示m6A修飾可能和RNA的剪切加工相關(guān)。WTAP與METTL3–METTL14二聚體相互作用,并共定位于核小斑,影響甲基化效率,參與mRNA剪。而KIAA1429作為候選的甲基轉(zhuǎn)移酶復(fù)合體的新亞基。protocol 分享|過表達(dá)細(xì)胞株的構(gòu)建。上海哪里有科研技術(shù)服務(wù)實驗室

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用伊紅乙醇液對比染色1~3min。(4)將切片放入95%乙醇中洗去多余的紅色,然后放入無水乙醇中3~5min,吸干后將切片放入二甲苯Ⅰ、Ⅱ中各3~5min。3、觀察在鏡下可見卵巢呈扁橢圓形,表面為單層扁平上皮細(xì)胞或單層立方上皮,卵巢實質(zhì)分為皮質(zhì)和髓質(zhì)。可見上皮,原始卵泡和生長卵泡。卵巢組織中各發(fā)育階段卵泡及卵巢基質(zhì)的形態(tài)結(jié)構(gòu)清晰可見,細(xì)胞核呈藍(lán)紫色,細(xì)胞質(zhì)及間質(zhì)成分呈淺紅色,卵泡中卵母細(xì)胞、卵泡細(xì)胞、透明帶均清晰可見。注意事項1.取材注意事項(1)取材動作要迅速,不宜作太久的拖延以免組織細(xì)胞的成分、結(jié)構(gòu)等發(fā)生變化。(2)切片材料應(yīng)根據(jù)需要觀察的部位進(jìn)行選擇,盡可能不要損傷所需要的部分。(3)切取的組織塊不宜太大,以利于固定劑穿透,通常以5mmx5mmx2mm或10mmx10mmx2mm為宜。2.固定注意事項(1)一般固定液,都以新配為好,配好后應(yīng)貯存在陰涼處,不宜放在日光下,以免引起化學(xué)變化,失去固定作用。(2)有些混合固定液的成份之間會發(fā)生氧化還原作用,一定要在使用前才混合,如果混合太早,固定時就沒有作用了。(3)固定材料時,固定液必須充足,一般為材料塊的20~30倍,有些水分多的材料,中間應(yīng)更換1~2次新液。(4)材料固定完畢后。河北哪里有科研技術(shù)服務(wù)外包慢病毒載體包含了包裝、轉(zhuǎn)染、穩(wěn)定整合所需要的遺傳信息。

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原理以慢病毒包裝為例,主要包括3個質(zhì)粒:質(zhì)粒DNA可以轉(zhuǎn)錄出慢病毒遺傳物質(zhì)(RNA),但不能翻譯出慢病毒的外殼及蛋白成分的載體質(zhì)粒,其同時含有目的基因和報告基因,psPAX2是可以表達(dá)慢病毒外殼的質(zhì)粒,其表達(dá)產(chǎn)物可通過粘附機(jī)制更易穿過細(xì)胞膜。為慢病毒的膜蛋白質(zhì)粒,通過脂質(zhì)體進(jìn)行三質(zhì)粒共轉(zhuǎn)到靶細(xì)胞基因組中,宿主基因組在表達(dá)時,隨宿主基因轉(zhuǎn)錄出的目的基因RNA與psPAX2、基因翻譯出的蛋白組裝為慢病毒。病毒進(jìn)入細(xì)胞后,其遺傳物質(zhì)RNA逆轉(zhuǎn)錄出DNA,該基因再整合到靶細(xì)胞的基因組中,完成轉(zhuǎn)染過程。因為質(zhì)粒DNA只能轉(zhuǎn)錄出病毒RNA和表達(dá)目的基因卻不能表達(dá)出病毒的外殼和膜蛋白成分,因此其不能像普通的病毒一樣在宿主細(xì)胞能反復(fù)增殖,故對宿主細(xì)胞是無害的并且高效的將目的基因轉(zhuǎn)染到靶細(xì)胞基因組中。用途病毒產(chǎn)生,包裝病毒。材料與儀器無菌1×PBS,對數(shù)期293T細(xì)胞,細(xì)胞計數(shù)器,病毒質(zhì)粒(以慢病毒為例:psPAX2/),轉(zhuǎn)染試劑(lipMax或者lipo3000),Polybrene、病毒濃縮液(生物公司有售)等。步驟(1)293T細(xì)胞鋪板取對數(shù)生長期的293T細(xì)胞,用的胰蛋白酶消化293T細(xì)胞,計數(shù)。若是10cm大皿,建議按照10-12×106每皿的數(shù)量將293T細(xì)胞均勻鋪入。若是6孔板。

圖2MAZTER-Seq實驗流程圖圖3MAZTER-MINE分析m6A示意圖接下來作者便是要驗證這一新方法的可行性了。在酵母中敲除IME4的情況下,檢測到的剪切效率高于野生型(剪切效率高低m6A水平),m6A抗體富集后的樣品剪切效率也低于未富集的Input組。整體水平可靠,那檢測的特異性位點是否準(zhǔn)確呢?作者也將該方法檢測到的新甲基化位點使用放射標(biāo)記層析檢測,發(fā)現(xiàn)預(yù)測的位點準(zhǔn)確存在而且與剪切效率相符合。如圖5所示。而圖6中,作者則是與m6A抗體IP的方法進(jìn)行了比較,也證實了這一方法的可行性。圖5MAZTER-Seq檢測結(jié)果驗證圖6MAZTER-Seq與m6A-Seq比較分析此外,后文中作者也在大規(guī)模的CRISPR-Cas9改變m6A狀態(tài)和酵母減數(shù)分裂模型中檢測了MAZTER-Seq這一系統(tǒng);并進(jìn)一步通過這一方法檢測了哺乳動物不同細(xì)胞間m6A水平的保守性;也探究了去甲基化酶FTO對整體m6A甲基化水平的影響等。這里小編主要給大家分享這一新技術(shù),其他部分暫不過多分析了。新的技術(shù)能拓展我們的研究內(nèi)容;對于這一技術(shù)。建立疾病模型的目的是為了防治人類疾病。

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|基因組DNA擴(kuò)增|RNA擴(kuò)增|克隆與表達(dá)克隆基因|克隆試劑盒|克隆篩選|感受態(tài)細(xì)胞|突變轉(zhuǎn)染|轉(zhuǎn)化|體外轉(zhuǎn)錄/翻譯|其它表達(dá)分析Northern印跡分析|分支DNA和mRNA定量|差別基因表達(dá)|反義寡核苷酸|RACE試劑盒|SAGE試劑盒|其它抗體蛋白A,GPLUS|抑制/凋亡抗體|信號分子抗體結(jié)構(gòu)蛋白抗體|磷酸化特異抗體|融合蛋白tag抗體非哺乳動物蛋白抗體|細(xì)胞周期蛋白抗體|轉(zhuǎn)錄調(diào)節(jié)蛋白抗體|抗體制備佐劑|抗體片段|抗體同種型|抗體純化|抗體制備試劑盒|其它第二抗體westernblot二抗|免疫組化二抗|其它試劑盒ELISA試劑盒|免疫組化試劑盒|放射免疫試劑盒|westernblot試劑盒|流式細(xì)胞試劑盒|其它抗體相關(guān)siRNA|重組蛋白|白蛋白|試劑|其它分子生物學(xué)服務(wù)DNA提取/純化|DNA測序|第二代高通量測序|DNA保存和活化|基因合成|基因步行|基因組分析生物信息學(xué)|SNP檢測|實時定量PCR服務(wù)|文庫/載體構(gòu)建|寡核苷酸合成Oligo合成|實時PCROligo合成|其它細(xì)胞生物學(xué)服務(wù)細(xì)胞培養(yǎng)|流式細(xì)胞檢測|細(xì)胞毒性測試|細(xì)胞因子生物檢測|影像服務(wù)|篩選/發(fā)育服務(wù)|其它干細(xì)胞技術(shù)服務(wù)干細(xì)胞提取|干細(xì)胞鑒定|干細(xì)胞誘導(dǎo)分化|干細(xì)胞常規(guī)檢測|干細(xì)胞擴(kuò)增|干細(xì)胞轉(zhuǎn)基因|干細(xì)胞其他相關(guān)實驗|微生物學(xué)服務(wù)微生物鑒定|抑菌作用測試|內(nèi)測試|內(nèi)??梢詭椭蒲腥藛T深入理解疾病的共同性,即不同物種之間存在的共有病理變化過程。上海哪里有科研技術(shù)服務(wù)實驗室

細(xì)胞污染的處理的技術(shù)。上海哪里有科研技術(shù)服務(wù)實驗室

轉(zhuǎn)錄組和m6A分析顯示精子發(fā)生相關(guān)基因的表達(dá)和選擇性剪接發(fā)生了改變[19]。YTHDC2可促進(jìn)靶基因的翻譯效率,并降低其mRNA的豐度,在精子發(fā)生過程中起關(guān)鍵作用。當(dāng)減數(shù)分裂開始時YTHDC2表達(dá)上調(diào),YTHDC2敲除小鼠的生殖細(xì)胞沒有經(jīng)過偶線期的發(fā)育導(dǎo)致小鼠不育[20]。在DNA損傷反應(yīng)中,METTL3可促進(jìn)DNA聚合酶κ(Polκ)與核酸剪切修復(fù)途徑快速定位到UV引起的DNA損傷位點,當(dāng)缺失METTL3時,細(xì)胞無法迅速修復(fù)UV照射引起的突變,并且對UV照射更加敏感[25]。在淋巴細(xì)胞性小鼠過繼轉(zhuǎn)移模型中,Mettl3缺陷通過影響mRNAm6A修飾,降低SOCS家族mRNA衰減,增加mRNA和蛋白表達(dá)水平,從而抑制IL-7介導(dǎo)的STAT5活性和T細(xì)胞內(nèi)穩(wěn)態(tài)增殖和分化,進(jìn)而抑制腸炎的發(fā)生[21]。在肝中,METTL14通過調(diào)控pri-miRNA的m6A修飾,影響MiR-126的生成加工,從而抑制肝的轉(zhuǎn)移[22]。在乳腺細(xì)胞中,低氧刺激能促進(jìn)依賴低氧誘導(dǎo)因子HIF的ALKBH5的表達(dá),而ALKBH5過表達(dá)降低了NANOGmRNA的m6A修飾,從而穩(wěn)定mRNA提高NANOG的表達(dá)水平,終增加乳腺干細(xì)胞所占的比例[23]。此外,低氧誘導(dǎo)乳腺細(xì)胞中依賴ZNF217的NANOG和KLF4的mRNAm6A甲基化抑制,且ALKBH5敲除降低免疫缺陷小鼠乳腺的肺轉(zhuǎn)移[24]。在肺中。上海哪里有科研技術(shù)服務(wù)實驗室