轉(zhuǎn)錄組和m6A分析顯示精子發(fā)生相關(guān)基因的表達和選擇性剪接發(fā)生了改變[19]。YTHDC2可促進靶基因的翻譯效率,并降低其mRNA的豐度,在精子發(fā)生過程中起關(guān)鍵作用。當減數(shù)分裂開始時YTHDC2表達上調(diào),YTHDC2敲除小鼠的生殖細胞沒有經(jīng)過偶線期的發(fā)育導(dǎo)致小鼠不育[20]。在DNA損傷反應(yīng)中,METTL3可促進DNA聚合酶κ(Polκ)與核酸剪切修復(fù)途徑快速定位到UV引起的DNA損傷位點,當缺失METTL3時,細胞無法迅速修復(fù)UV照射引起的突變,并且對UV照射更加敏感[25]。在淋巴細胞性小鼠過繼轉(zhuǎn)移模型中,Mettl3缺陷通過影響mRNAm6A修飾,降低SOCS家族mRNA衰減,增加mRNA和蛋白表達水平,從而抑制IL-7介導(dǎo)的STAT5活性和T細胞內(nèi)穩(wěn)態(tài)增殖和分化,進而抑制腸炎的發(fā)生[21]。在肝中,METTL14通過調(diào)控pri-miRNA的m6A修飾,影響MiR-126的生成加工,從而抑制肝的轉(zhuǎn)移[22]。在乳腺細胞中,低氧刺激能促進依賴低氧誘導(dǎo)因子HIF的ALKBH5的表達,而ALKBH5過表達降低了NANOGmRNA的m6A修飾,從而穩(wěn)定mRNA提高NANOG的表達水平,終增加乳腺干細胞所占的比例[23]。此外,低氧誘導(dǎo)乳腺細胞中依賴ZNF217的NANOG和KLF4的mRNAm6A甲基化抑制,且ALKBH5敲除降低免疫缺陷小鼠乳腺的肺轉(zhuǎn)移[24]。在肺中。人工模型是指通過人工手段制造的疾病模型。云南模式科研技術(shù)服務(wù)實驗室
METTL3能夠促進肺腺細胞的生長、生存和侵襲,但還不清楚它是否作為m6A調(diào)節(jié)器或效應(yīng)器發(fā)揮作用[25]。在急性髓細胞白血?。ˋML)患者中,m(6)A調(diào)控基因的突變或拷貝數(shù)變化與TP53突變存在密切聯(lián)系,且m(6)A調(diào)控基因的改變與AML不良預(yù)相關(guān)[26]。此外,F(xiàn)TO在AML中高表達,它通過降低mRNA轉(zhuǎn)錄本中的m(6)水平,調(diào)節(jié)ASB2和RARA等靶點的表達,增強了白血病基因介導(dǎo)的細胞轉(zhuǎn)化和白血病形成,并抑制全反式維甲酸(ATRA)誘導(dǎo)的AML細胞分化[27]。在脂肪形成過程中,F(xiàn)TO表達與m6A水平成負相關(guān),促進脂肪形成[3]。在膠質(zhì)細胞瘤樣細胞中,ALKBH5通過lncRNAFOXM1介導(dǎo)FOXM1基因pre-mRNA上的m6A修飾維持膠質(zhì)瘤細胞的成瘤性[28]。此外,甲基轉(zhuǎn)移酶METTL3或METTL14的敲除,能夠改變m6A的富集和ADAM19的表達,極大地促進了膠質(zhì)瘤細胞的生長、自我更新和形成[29]。圖2m6ARNA修飾和介導(dǎo)的功能[30]m6A的研究方向主要是通過研究m6A修飾相關(guān)的甲基化、去甲基化酶和識別蛋白的功能,進而研究m6A修飾的生物學功能和作用機制:一般通過敲除m6A酶分子,研究下游功能基因分子的表達和m6A甲基化情況,通過介導(dǎo)相關(guān)基因異常(可變剪切、穩(wěn)定性、翻譯、miRNA調(diào)控)影響細胞表型和功能特征。科研技術(shù)服務(wù)外包可以幫助科研人員深入理解疾病的共同性,即不同物種之間存在的共有病理變化過程。
圖2MAZTER-Seq實驗流程圖圖3MAZTER-MINE分析m6A示意圖接下來作者便是要驗證這一新方法的可行性了。在酵母中敲除IME4的情況下,檢測到的剪切效率高于野生型(剪切效率高低m6A水平),m6A抗體富集后的樣品剪切效率也低于未富集的Input組。整體水平可靠,那檢測的特異性位點是否準確呢?作者也將該方法檢測到的新甲基化位點使用放射標記層析檢測,發(fā)現(xiàn)預(yù)測的位點準確存在而且與剪切效率相符合。如圖5所示。而圖6中,作者則是與m6A抗體IP的方法進行了比較,也證實了這一方法的可行性。圖5MAZTER-Seq檢測結(jié)果驗證圖6MAZTER-Seq與m6A-Seq比較分析此外,后文中作者也在大規(guī)模的CRISPR-Cas9改變m6A狀態(tài)和酵母減數(shù)分裂模型中檢測了MAZTER-Seq這一系統(tǒng);并進一步通過這一方法檢測了哺乳動物不同細胞間m6A水平的保守性;也探究了去甲基化酶FTO對整體m6A甲基化水平的影響等。這里小編主要給大家分享這一新技術(shù),其他部分暫不過多分析了。新的技術(shù)能拓展我們的研究內(nèi)容;對于這一技術(shù)。
如胰腺,一般取胰島較多的胰腺尾部;肺應(yīng)取有細支氣管及帶有軟骨片的小支氣管部。如果實驗需進行多樣本的采集,采集順序應(yīng)按照:消化,神經(jīng)系統(tǒng),皮膚,肌肉等的順序進行。選好塊的切面。熟悉某些成分安排,然后決定其切面的走向;如一長管狀以橫切面較好。切除不需要的部分。特別是周圍的脂肪等,應(yīng)盡可能掉,否則給固定、脫水、浸蠟、切片等帶來一些不必要的問題。樣品的固定(1)固定的方法:①小塊固定法:從動物取下的小塊,立即置入液態(tài)固定劑(這是應(yīng)用經(jīng)常的方法)。②注射/灌注固定法:某些塊由于體積過大或固定液極難滲入內(nèi)部或需要對整個臟器或整個動物進行固定,這時宜采用注射固定法,將固定液注入血管,經(jīng)血管分支到達整個和全身,從而得到充分的固定。另,空腔比如肺,肺內(nèi)含有空氣,固定液難以滲入,建議先做肺灌注,使得肺充盈滿固定液以后再進行保存,如果空腔中氣體沒有排出,后續(xù)可能影響固定效果(沒有灌注的肺會浮在液體表面不利于固定,切片以后也會看到很多的空泡)。③蒸汽固定法:比較細小而薄的標本,可用鋨酸或甲醛蒸汽固定。主要用于血液或細胞涂片以及某些薄膜的固定。。維持細胞內(nèi)外環(huán)境的穩(wěn)定。細胞質(zhì)是細胞內(nèi)的液體,其中包含了各種細胞器和細胞骨架等結(jié)構(gòu)。
m6A研究又有新手段了?趕緊來了解一下吧!欄目:研究動態(tài)發(fā)布時間:2019-08-14RNA甲基化m6A是如今的研究熱點之一,Cell上新發(fā)表了一篇介紹不使用m6A抗體的檢測mRNAm6A水平的Resource文章......RNA甲基化m6A是如今的研究熱點之一,目前主要的研究思路包括差異表達的write,reader和eraser基因分析;m6A抗體檢測全轉(zhuǎn)錄組甲基化水平;分析m6A甲基化水平變化的靶基因和下游機制研究。而在7月25日的Cell上新發(fā)表了一篇介紹不使用m6A抗體的檢測mRNAm6A水平的Resource文章,小編時間和大家分享一下。作者開發(fā)這一方法的前提是有研究報道了MazF能特異性的識別無修飾的ACA序列并發(fā)揮RNA酶活性在ACA之前剪切底物。但ACA序列的個A發(fā)生m6A甲基化之后將無法被MazF所識別,如圖一所示。圖1MazFRNA酶作用示意圖根據(jù)這一原理,作者將純化后的mRNA進行MazF酶處理,然后再對打斷的RNA進行逆轉(zhuǎn)建庫測序。對于無修飾的位點,ACA處被完全剪切,測序reads正好分布于該位點上下游而且比對至該處的上下游reads數(shù)是相同的.如圖2所示。而甲基化位點的reads會包含上下游的序列。作者開發(fā)了MAZTER-MINE軟件包專門進行分析(圖3)。動物疾病模型:為人類健康保駕護航。江蘇疾病科研技術(shù)服務(wù)分離
常用于研究細胞的成瘤能力、細胞的轉(zhuǎn)移、細胞的耐藥和靶分子對腫瘤細胞的發(fā)展的影響等等。云南模式科研技術(shù)服務(wù)實驗室
常見的有理染色、WesternBlot、PCR等),實驗儀器是否需要預(yù)約使用。如果需要外送公司檢測,需要提前聯(lián)系好商家,以及了解清楚樣本如何獲取,如何運輸。飼養(yǎng)動物及干預(yù)動物購買后需要將時間節(jié)點提前規(guī)劃好,比如,周需要做什么?測量體重?觀察飲食?測量需要的指標?中間有無特殊操作?比如灌胃、測量體重、做CT檢測、取血?……第幾周取材?取材需要哪些?預(yù)實驗方案就要提前設(shè)計清楚以上內(nèi)容。取材及樣品準備取材需要提前到動物房禁食、稱體重、取出動物、手術(shù)的、固定所需要的試劑和EP管,WesternBlot和PCR所需要的樣本儲存條件。比如凍存管、EP管,是否需要冰塊?是否需要液氮?取材當天需要多少人?是否需要請人幫忙?如果所需要取出的樣本較多,建議大家請人一起幫忙,流水線作業(yè),這樣能節(jié)省時間,并且能保證樣品的質(zhì)量。如果請人,每個人需要負責哪一板塊的工作,比如誰負責,誰負責取血液,誰負責取,誰負責拍照、誰負責儲存,都需要提前規(guī)劃交代清楚。實驗指標檢測如果是需要自己做的檢測,比如常見的WesternBlot、PCR,建議提前可以看看教程(無論是視頻還是貼吧,都要自己多方參考)。有了一定的理論基礎(chǔ)后,再向老師、師兄師姐學習經(jīng)驗和技術(shù)。云南模式科研技術(shù)服務(wù)實驗室