m6A研究又有新手段了？趕緊來(lái)了解一下吧！欄目：研究動(dòng)態(tài)發(fā)布時(shí)間：2019-08-14RNA甲基化m6A是如今的研究熱點(diǎn)之一,Cell上新發(fā)表了一篇介紹不使用m6A抗體的檢測(cè)mRNAm6A水平的Resource文章......RNA甲基化m6A是如今的研究熱點(diǎn)之一，目前主要的研究思路包括差異表達(dá)的write，reader和eraser基因分析；m6A抗體檢測(cè)全轉(zhuǎn)錄組甲基化水平；分析m6A甲基化水平變化的靶基因和下游機(jī)制研究。而在7月25日的Cell上新發(fā)表了一篇介紹不使用m6A抗體的檢測(cè)mRNAm6A水平的Resource文章，小編時(shí)間和大家分享一下。作者開(kāi)發(fā)這一方法的前提是有研究報(bào)道了MazF能特異性的識(shí)別無(wú)修飾的ACA序列并發(fā)揮RNA酶活性在ACA之前剪切底物。但ACA序列的個(gè)A發(fā)生m6A甲基化之后將無(wú)法被MazF所識(shí)別，如圖一所示。圖1MazFRNA酶作用示意圖根據(jù)這一原理，作者將純化后的mRNA進(jìn)行MazF酶處理，然后再對(duì)打斷的RNA進(jìn)行逆轉(zhuǎn)建庫(kù)測(cè)序。對(duì)于無(wú)修飾的位點(diǎn)，ACA處被完全剪切，測(cè)序reads正好分布于該位點(diǎn)上下游而且比對(duì)至該處的上下游reads數(shù)是相同的.如圖2所示。而甲基化位點(diǎn)的reads會(huì)包含上下游的序列。作者開(kāi)發(fā)了MAZTER-MINE軟件包專門(mén)進(jìn)行分析（圖3）。生物分子學(xué)的研究范圍非常廣，包括蛋白質(zhì)、核酸、糖類、脂質(zhì)等生物分子的結(jié)構(gòu)、功能和相互作用等方面。湖北大鼠科研技術(shù)服務(wù)實(shí)驗(yàn)室

    代謝組學(xué)的研究對(duì)象大都是相對(duì)分子量在1000以內(nèi)的小分子物質(zhì)，因此常用的血液樣本在取樣后，應(yīng)小心操作，防止溶血，盡快分離出血清，分置于溫環(huán)境下保存。由于用于理實(shí)驗(yàn)的動(dòng)物采集相對(duì)其他樣品的采集，操作更繁瑣，在處理過(guò)程中許多細(xì)節(jié)容易忽略，造成數(shù)據(jù)不完美（甚至不能用）。因此接下來(lái)將重點(diǎn)介紹樣品采集的注意事項(xiàng)及其固定。樣品采集注意事項(xiàng)應(yīng)新鮮，操作時(shí)間盡可能短，否則細(xì)胞發(fā)生死后變化、自融及現(xiàn)象。是動(dòng)物心臟還在跳動(dòng)時(shí)采集，樣本取出后在5分鐘以內(nèi)置于固定液內(nèi)，避免長(zhǎng)時(shí)間暴露在空氣環(huán)境中。塊盡量小而薄。塊的厚度以不超過(guò)5mm為宜，較為理想的厚度為2mm左右，主要目的是使固定液迅速而均勻的滲入塊內(nèi)部。勿使塊受擠壓。在采集過(guò)程中，應(yīng)盡量選擇較為鋒利的手術(shù)，如手術(shù)刀片等，避免操作過(guò)程中擠壓挫傷標(biāo)本。擠壓過(guò)的均不可用。固定液的量一般以塊大小的20倍為宜，能夠在容器內(nèi)自由移動(dòng)。盡量保持的原有形態(tài)。新鮮經(jīng)固定后，或多或少產(chǎn)生收縮現(xiàn)象（如胃腸），為此可將展平，以盡可能維持原形。保持清潔。塊上如有血液、污物、粘液、食物、糞便等，可用生理鹽水沖洗，然后再入固定液，但要注意防止損傷。要熟悉采集部位。要能準(zhǔn)確的按解剖部位采集。湖北大鼠科研技術(shù)服務(wù)實(shí)驗(yàn)室科研中我們涉及到的免疫沉淀實(shí)驗(yàn)通常指：免疫共沉淀（Co-IP）、RIP、Chip等等，將幾種實(shí)驗(yàn)簡(jiǎn)單概述一下。

    3）基因/蛋白質(zhì)表達(dá)定性或定量檢測(cè)在進(jìn)行分子檢測(cè)的過(guò)程中，保持核酸和蛋白質(zhì)的完整性至關(guān)重要，因此在取樣過(guò)程中，應(yīng)盡量避免核酸及蛋白質(zhì)的降解。如不注意采樣過(guò)程，將會(huì)導(dǎo)致樣本中的核酸及蛋白質(zhì)的無(wú)差別降解，嚴(yán)重影響后續(xù)分子檢測(cè)結(jié)果。在條件允許的情況下，樣本在離體后應(yīng)立刻裝入凍存管內(nèi)，并立即放入液氮中進(jìn)行冷凍。在RNA提取樣本的保存過(guò)程中，可以選擇非冷凍型RNA保存液或Trizol試劑進(jìn)行RNA酶的。針對(duì)蛋白質(zhì)提取樣本的保存，我們同樣可以使用商品化的蛋白酶劑進(jìn)行短期處理。聚合酶鏈?zhǔn)椒磻?yīng)（PolymeraseChnReaction，PCR）及免印跡（Westernblotting，WB），這兩種實(shí)驗(yàn)手段是分子學(xué)檢測(cè)中不可或缺的一部分，也是發(fā)表至關(guān)重要的分子檢測(cè)數(shù)據(jù)。PCR主要用來(lái)對(duì)基因在基因組層面或轉(zhuǎn)錄層面的變化進(jìn)行定性或定量檢測(cè)，而WB則主要用來(lái)對(duì)某一蛋白質(zhì)的表達(dá)進(jìn)行定量檢測(cè)。（4）轉(zhuǎn)錄組學(xué)、蛋白質(zhì)組學(xué)及代謝組學(xué)檢測(cè)隨著檢測(cè)水平及相關(guān)產(chǎn)業(yè)的不斷發(fā)展，各類組學(xué)檢測(cè)的價(jià)格降低，實(shí)驗(yàn)設(shè)計(jì)中也常常運(yùn)用組學(xué)檢測(cè)來(lái)提升實(shí)驗(yàn)設(shè)計(jì)的檔次。在我們進(jìn)行轉(zhuǎn)錄組學(xué)及蛋白質(zhì)組學(xué)的檢測(cè)過(guò)程中，同樣是要首先確保目標(biāo)RNA或蛋白質(zhì)的片段完整性。

    靜置25分鐘后把酒精倒干，用吸水紙吸出多余的酒精，然后配壓縮膠，同樣的操作，關(guān)鍵是梳子要插得快，要小心梳子下產(chǎn)生氣泡，然后靜置30分鐘。如果是當(dāng)天跑膠，我會(huì)等上層膠凝2個(gè)小時(shí)再用，但要注意防干燥縮水，可以在一個(gè)小時(shí)的時(shí)候沿著梳子上緣加點(diǎn)電泳液。所以我一般提前一晚制膠，泡于純水或者電泳液里置于4度冰箱暫存。三、蛋白電泳1、上樣前準(zhǔn)備把膠組裝到電泳芯上，注意密閉性(否則漏液)，如果內(nèi)槽漏液就不是勻強(qiáng)電場(chǎng)了，條帶可能就不是一條直線。然后內(nèi)槽倒?jié)M電泳液，拔梳子，這一步要小心，梳子要兩邊一起緩緩?fù)习纬?，然后觀察泳道內(nèi)有無(wú)脫落的膠?；蛘吣z絲，有的話用1毫升注射器吸出。然后從冰箱取出蛋白樣品，解凍。準(zhǔn)備振蕩器。2、上樣和電泳注意，上樣后蛋白會(huì)開(kāi)始慢慢在膠中彌散，所以上樣越快越好。我習(xí)慣先上蛋白Marker,再上蛋白樣品，蛋白上樣前確保樣品完全解凍和充分振蕩(推薦使用振蕩器振蕩)，吸的時(shí)候沒(méi)有拉絲即可，建議上樣分鐘把樣品從冰上取出來(lái)，不然樣品中SDS可能會(huì)結(jié)晶析出，從而影響電泳效果。上層膠80V25分鐘，下層膠120V65分鐘。四、轉(zhuǎn)膜1、轉(zhuǎn)膜前準(zhǔn)備我會(huì)在電泳結(jié)束0分鐘準(zhǔn)備，把轉(zhuǎn)膜液配好置于4度冰箱預(yù)冷，然后裁膜，準(zhǔn)備轉(zhuǎn)膜裝置。干貨分享 | 瓊脂糖核酸電泳，選擇紫外還是藍(lán)光？

    一種是用beta巰基乙醇打開(kāi)蛋白質(zhì)分子二硫鍵的，另一種是用DTT(二硫蘇糖醇)。兩者的作用是一樣的，但特點(diǎn)不一樣，前者更容易與氧氣反應(yīng)，穩(wěn)定性比后者差，如果在常溫下暴露在空中，前者只能維持24小時(shí)的活性，后者卻可以維持7天左右。所以該如何選擇?如果是蛋白樣品較少，跑幾次就可以用完的樣品，這時(shí)選擇beta巰基乙醇。如果樣品很多，計(jì)劃跑上幾十次的，優(yōu)先選擇DTT,建議變性后分裝保存。二、SDS-PAGE凝膠配制1、配膠前準(zhǔn)備首先強(qiáng)調(diào)一下，一塊好的膠是跑好蛋白的前提，所以這個(gè)環(huán)節(jié)也不容忽視。玻璃板的選擇，一種是1毫米厚度的，另一種是，這個(gè)厚度選擇也是有講究的，如果上樣體積小于10微升，優(yōu)先選1毫米，否則選。原因是什么?答案在轉(zhuǎn)膜部分揭曉。還有分離膠的濃度也要選擇適合的。然后玻璃板和梳子要洗干凈，晾干。裝板，注意厚板和薄板的底部要對(duì)齊，否則會(huì)漏膠。加制膠的各成分前，要觀察液體是否有沉淀，有沉淀的盡量不要用。2、制膠按配方說(shuō)明依次加入各組分，加完SDS后先簡(jiǎn)單手動(dòng)搖勻幾下，然后迅速加入過(guò)硫酸銨和TEMED,搖勻，緊接著就灌膠。然后我習(xí)慣用95%的酒精壓膠，我也用過(guò)純水，感覺(jué)純水壓沒(méi)那么好，由于水的密度較大，會(huì)把分界處的膠壓得膨大?？梢云毡閼?yīng)用于生物醫(yī)學(xué)研究、藥物篩選、腫、瘤診斷等領(lǐng)域。廣西大鼠科研技術(shù)服務(wù)外包

RNA提取過(guò)程中試劑的作用是什么？湖北大鼠科研技術(shù)服務(wù)實(shí)驗(yàn)室

    動(dòng)物模型在科研中有著普遍的應(yīng)用。首先，它們可以幫助科研人員深入理解的共同性，即不同物種之間存在的共有理變化過(guò)程。通過(guò)對(duì)動(dòng)物模型的研究，科研人員可以更清楚地了解的發(fā)展過(guò)程和機(jī)制，為人類的檢查提供理論依據(jù)。其次，動(dòng)物模型還為新研發(fā)和苗測(cè)試提供了的平臺(tái)。在研發(fā)過(guò)程中，科研人員可以通過(guò)對(duì)動(dòng)物模型進(jìn)行處理，觀察其和副作用，為新的臨床試驗(yàn)提供依據(jù)。而在苗測(cè)試中，動(dòng)物模型則可以用來(lái)評(píng)估苗的性和安全性。此外，動(dòng)物模型還為科研人員提供了研究人類的跨學(xué)科方法。例如，通過(guò)比較人類和動(dòng)物模型的基因組學(xué)、蛋白質(zhì)組學(xué)等數(shù)據(jù)，可以發(fā)現(xiàn)與發(fā)生相關(guān)的關(guān)鍵基因和蛋白質(zhì)，從而為的和檢查提供新的思路。雖然動(dòng)物模型在科研中發(fā)揮了巨大的作用，但也存在一些挑戰(zhàn)。首先，由于物種差異的存在，動(dòng)物模型的表現(xiàn)與人類可能存在差異，因此需要謹(jǐn)慎使用。此外，動(dòng)物模型的倫理問(wèn)題也不容忽視，科研人員需要在符合倫理規(guī)定的前提下進(jìn)行相關(guān)研究。盡管存在挑戰(zhàn)，動(dòng)物模型的發(fā)展前景仍然值得期待。隨著科技的不斷進(jìn)步，科研人員將能夠開(kāi)發(fā)出更為精確、實(shí)用的動(dòng)物模型。湖北大鼠科研技術(shù)服務(wù)實(shí)驗(yàn)室