METTL3能夠促進(jìn)肺腺細(xì)胞的生長(zhǎng)、生存和侵襲,但還不清楚它是否作為m6A調(diào)節(jié)器或效應(yīng)器發(fā)揮作用[25]。在急性髓細(xì)胞白血病(AML)患者中,m(6)A調(diào)控基因的突變或拷貝數(shù)變化與TP53突變存在密切聯(lián)系,且m(6)A調(diào)控基因的改變與AML不良預(yù)相關(guān)[26]。此外,F(xiàn)TO在AML中高表達(dá),它通過(guò)降低mRNA轉(zhuǎn)錄本中的m(6)水平,調(diào)節(jié)ASB2和RARA等靶點(diǎn)的表達(dá),增強(qiáng)了白血病基因介導(dǎo)的細(xì)胞轉(zhuǎn)化和白血病形成,并抑制全反式維甲酸(ATRA)誘導(dǎo)的AML細(xì)胞分化[27]。在脂肪形成過(guò)程中,F(xiàn)TO表達(dá)與m6A水平成負(fù)相關(guān),促進(jìn)脂肪形成[3]。在膠質(zhì)細(xì)胞瘤樣細(xì)胞中,ALKBH5通過(guò)lncRNAFOXM1介導(dǎo)FOXM1基因pre-mRNA上的m6A修飾維持膠質(zhì)瘤細(xì)胞的成瘤性[28]。此外,甲基轉(zhuǎn)移酶METTL3或METTL14的敲除,能夠改變m6A的富集和ADAM19的表達(dá),極大地促進(jìn)了膠質(zhì)瘤細(xì)胞的生長(zhǎng)、自我更新和形成[29]。圖2m6ARNA修飾和介導(dǎo)的功能[30]m6A的研究方向主要是通過(guò)研究m6A修飾相關(guān)的甲基化、去甲基化酶和識(shí)別蛋白的功能,進(jìn)而研究m6A修飾的生物學(xué)功能和作用機(jī)制:一般通過(guò)敲除m6A酶分子,研究下游功能基因分子的表達(dá)和m6A甲基化情況,通過(guò)介導(dǎo)相關(guān)基因異常(可變剪切、穩(wěn)定性、翻譯、miRNA調(diào)控)影響細(xì)胞表型和功能特征。健康的HEK 293T細(xì)胞,一般使用復(fù)蘇后10代以?xún)?nèi)的細(xì)胞進(jìn)行慢病毒的生產(chǎn),要求無(wú)菌以及支原體污染;廣西組織科研技術(shù)服務(wù)實(shí)驗(yàn)室
應(yīng)退回純酒精中重新脫水,然后再透明,否則切片難以鏡檢。(4)二甲苯應(yīng)盡量保持無(wú)水,應(yīng)經(jīng)常更換,或用紗布包無(wú)水硫酸銅放入染色缸內(nèi)吸收水分。5.透蠟注意事項(xiàng)(1)透蠟的目的是除去組織中的透明劑(如二甲苯等),使石蠟滲透到組織內(nèi)部達(dá)到飽和程度以便包埋。透蠟時(shí)間根據(jù)組織大小而定。(2)盡量保持在較低溫度中進(jìn)行,以石蠟不凝固為度。(3)透蠟溫度要恒定,不可忽高忽低。(4)操作要迅速,力求在短的時(shí)間內(nèi)完成石蠟透入過(guò)程,以免引起組織變硬、變脆、收縮等。(5)注意溫度不要過(guò)高,以免組織發(fā)脆。6.染色水洗注意事項(xiàng)(1)染色原理:伊紅主要染細(xì)胞質(zhì),著色濃淡應(yīng)與蘇木精染細(xì)胞核的濃淡相配合,如果細(xì)胞核染色較濃,細(xì)胞質(zhì)也應(yīng)濃染,以獲得鮮明的對(duì)比。(2)染色時(shí)間應(yīng)根據(jù)染色劑的成熟程度及室溫高低,適當(dāng)縮短或延長(zhǎng)。室溫高時(shí)促進(jìn)染色,染色時(shí)間可短些,否則可適當(dāng)延長(zhǎng)時(shí)間,冬季室溫低時(shí)可放入恒溫箱中染色。(3)注意流水不能過(guò)大,以防切片脫落。(4)如果細(xì)胞核染色較淺,細(xì)胞質(zhì)也應(yīng)淡染。可在伊紅乙醇液中滴加數(shù)滴冰醋酸助染,促使細(xì)胞質(zhì)容易著色,并且經(jīng)乙醇脫水時(shí)不易褪色。貴州血液科研技術(shù)服務(wù)構(gòu)建免疫系統(tǒng),人體的免疫系統(tǒng)由免疫細(xì)胞、免疫分子構(gòu)成。
首先,預(yù)實(shí)驗(yàn)必須要當(dāng)做正式實(shí)驗(yàn)來(lái)對(duì)待(態(tài)度要放端正,這是必須的)。預(yù)實(shí)驗(yàn)的每一步都需要詳細(xì)規(guī)劃,多方籌謀。不論是實(shí)驗(yàn)動(dòng)物的選擇,還是檢測(cè)試劑的購(gòu)買(mǎi),都盡量和正式實(shí)驗(yàn)統(tǒng)一標(biāo)準(zhǔn)。建議大家先把所有試劑和購(gòu)買(mǎi)完畢后,再去購(gòu)買(mǎi)實(shí)驗(yàn)動(dòng)物。因?yàn)閯?dòng)物會(huì)長(zhǎng)胖,長(zhǎng)胖后給劑量就要增加,不僅多花錢(qián),并且還容易影響實(shí)驗(yàn)效果。筆者曾經(jīng)提前將實(shí)驗(yàn)動(dòng)物買(mǎi)回,但因?yàn)樘厥庠驔](méi)能購(gòu)買(mǎi)到造模,終只能忍痛割?lèi)?ài)將動(dòng)物贈(zèng)送他人,白白虧了一筆血汗錢(qián)(那批老鼠在我這兒白吃白喝長(zhǎng)得太胖,沒(méi)辦法用作造模)。動(dòng)物及試劑購(gòu)買(mǎi)首先需要考慮:實(shí)驗(yàn)動(dòng)物品種、體重、性別、周齡(通常根據(jù)既往文獻(xiàn)報(bào)道可以獲得答案)、數(shù)量(需要考慮到實(shí)驗(yàn)有一定動(dòng)物死亡率或者動(dòng)物本身會(huì)打架互毆,因此需要提前購(gòu)買(mǎi)足夠的動(dòng)物)。動(dòng)物購(gòu)買(mǎi)的途徑、安置的地點(diǎn),飲食管理(一般實(shí)驗(yàn)室會(huì)有動(dòng)物房,也可以從其他地方購(gòu)買(mǎi)),動(dòng)物免證明、倫理證明需要提前準(zhǔn)備好。實(shí)驗(yàn)相關(guān)的試劑和:比如造模和,動(dòng)物干預(yù)所需,陽(yáng)性選擇及購(gòu)買(mǎi)(有些購(gòu)買(mǎi)很困難,必須通過(guò)特殊程序才能買(mǎi)到)。如果涉及到有創(chuàng)操作,要提前準(zhǔn)備好(建議提前購(gòu)買(mǎi)),手術(shù)。需要了解自身實(shí)驗(yàn)平臺(tái)能完成哪些技術(shù)。
3)基因/蛋白質(zhì)表達(dá)定性或定量檢測(cè)在進(jìn)行分子檢測(cè)的過(guò)程中,保持核酸和蛋白質(zhì)的完整性至關(guān)重要,因此在取樣過(guò)程中,應(yīng)盡量避免核酸及蛋白質(zhì)的降解。如不注意采樣過(guò)程,將會(huì)導(dǎo)致樣本中的核酸及蛋白質(zhì)的無(wú)差別降解,嚴(yán)重影響后續(xù)分子檢測(cè)結(jié)果。在條件允許的情況下,樣本在離體后應(yīng)立刻裝入凍存管內(nèi),并立即放入液氮中進(jìn)行冷凍。在RNA提取樣本的保存過(guò)程中,可以選擇非冷凍型RNA保存液或Trizol試劑進(jìn)行RNA酶的。針對(duì)蛋白質(zhì)提取樣本的保存,我們同樣可以使用商品化的蛋白酶劑進(jìn)行短期處理。聚合酶鏈?zhǔn)椒磻?yīng)(PolymeraseChnReaction,PCR)及免印跡(Westernblotting,WB),這兩種實(shí)驗(yàn)手段是分子學(xué)檢測(cè)中不可或缺的一部分,也是發(fā)表至關(guān)重要的分子檢測(cè)數(shù)據(jù)。PCR主要用來(lái)對(duì)基因在基因組層面或轉(zhuǎn)錄層面的變化進(jìn)行定性或定量檢測(cè),而WB則主要用來(lái)對(duì)某一蛋白質(zhì)的表達(dá)進(jìn)行定量檢測(cè)。(4)轉(zhuǎn)錄組學(xué)、蛋白質(zhì)組學(xué)及代謝組學(xué)檢測(cè)隨著檢測(cè)水平及相關(guān)產(chǎn)業(yè)的不斷發(fā)展,各類(lèi)組學(xué)檢測(cè)的價(jià)格降低,實(shí)驗(yàn)設(shè)計(jì)中也常常運(yùn)用組學(xué)檢測(cè)來(lái)提升實(shí)驗(yàn)設(shè)計(jì)的檔次。在我們進(jìn)行轉(zhuǎn)錄組學(xué)及蛋白質(zhì)組學(xué)的檢測(cè)過(guò)程中,同樣是要首先確保目標(biāo)RNA或蛋白質(zhì)的片段完整性。維持細(xì)胞內(nèi)外環(huán)境的穩(wěn)定。細(xì)胞質(zhì)是細(xì)胞內(nèi)的液體,其中包含了各種細(xì)胞器和細(xì)胞骨架等結(jié)構(gòu)。
是整體甲基化進(jìn)程所必須的[2]。FTO是ALKB家族的成員,作為個(gè)被發(fā)現(xiàn)的去甲基酶,可影響剪切因子SRSF2的RNA結(jié)合能力,進(jìn)而調(diào)控pre-mRNA的剪切加工過(guò)程[3]。目前已發(fā)現(xiàn)FTO調(diào)節(jié)異常與肥胖、大腦畸形和生長(zhǎng)遲緩相關(guān),揭示m6A可能對(duì)這些疾病具有重要的調(diào)節(jié)功能[4-6]。ALKBH5是ALKB家族中被發(fā)現(xiàn)具有去甲基作用的另一個(gè)成員,以RNaseA敏感的方式與核小斑共定位,它可直接催化m6A-甲基化腺苷去除甲基而不同于FTO的氧化去甲基化[7].此外,ALKBH5和它的去甲基化活性影響新生mRNA合的成和剪切效率[7],且ALKBH5敲除雄性小鼠表現(xiàn)出精子發(fā)生異常,這可能是精子發(fā)生相關(guān)基因表達(dá)改變的結(jié)果[7]。m6AmRNA修飾執(zhí)行其功能主要通過(guò)兩個(gè)途徑:精細(xì)調(diào)控甲基化轉(zhuǎn)錄本的結(jié)構(gòu),以阻止或誘使蛋白-RNA相互作用;或被直接由m6A結(jié)合蛋白識(shí)別,誘發(fā)續(xù)反應(yīng)。目前一類(lèi)含有YTH功能結(jié)構(gòu)域的蛋白被鑒定為m6A修飾的結(jié)合蛋白。其中YTHDF1,YTHDF2,YTHDF3,YTHDC1和YTHDC2己被證實(shí)是m6A的結(jié)合蛋白.YTHDF1主要影響m6A修飾基因的翻譯,YTHDF2主要影響m6A修飾基因的降解,而YTHDC1結(jié)合m6A修飾的基因影響其剪接。HNRNPC是一種豐富的核RNA結(jié)合蛋白,參與pre-mRNA的加工[8]。常用實(shí)驗(yàn)動(dòng)物模型按產(chǎn)生原因分為以下5類(lèi):自發(fā)性動(dòng)物模型、誘發(fā)型模型、遺傳工程模型、醫(yī)學(xué)模型陰性模型。云南乳鼠科研技術(shù)服務(wù)購(gòu)買(mǎi)
干貨分享 | 避坑,微生物培養(yǎng)的污染因素及預(yù)防方法,少走彎路。廣西組織科研技術(shù)服務(wù)實(shí)驗(yàn)室
m6A研究又有新手段了?趕緊來(lái)了解一下吧!欄目:研究動(dòng)態(tài)發(fā)布時(shí)間:2019-08-14RNA甲基化m6A是如今的研究熱點(diǎn)之一,Cell上新發(fā)表了一篇介紹不使用m6A抗體的檢測(cè)mRNAm6A水平的Resource文章......RNA甲基化m6A是如今的研究熱點(diǎn)之一,目前主要的研究思路包括差異表達(dá)的write,reader和eraser基因分析;m6A抗體檢測(cè)全轉(zhuǎn)錄組甲基化水平;分析m6A甲基化水平變化的靶基因和下游機(jī)制研究。而在7月25日的Cell上新發(fā)表了一篇介紹不使用m6A抗體的檢測(cè)mRNAm6A水平的Resource文章,小編時(shí)間和大家分享一下。作者開(kāi)發(fā)這一方法的前提是有研究報(bào)道了MazF能特異性的識(shí)別無(wú)修飾的ACA序列并發(fā)揮RNA酶活性在ACA之前剪切底物。但ACA序列的個(gè)A發(fā)生m6A甲基化之后將無(wú)法被MazF所識(shí)別,如圖一所示。圖1MazFRNA酶作用示意圖根據(jù)這一原理,作者將純化后的mRNA進(jìn)行MazF酶處理,然后再對(duì)打斷的RNA進(jìn)行逆轉(zhuǎn)建庫(kù)測(cè)序。對(duì)于無(wú)修飾的位點(diǎn),ACA處被完全剪切,測(cè)序reads正好分布于該位點(diǎn)上下游而且比對(duì)至該處的上下游reads數(shù)是相同的.如圖2所示。而甲基化位點(diǎn)的reads會(huì)包含上下游的序列。作者開(kāi)發(fā)了MAZTER-MINE軟件包專(zhuān)門(mén)進(jìn)行分析(圖3)。廣西組織科研技術(shù)服務(wù)實(shí)驗(yàn)室