m6A修飾圖譜構(gòu)建及作用機(jī)制:通過m6A甲基化測序(MeRIP-Seq,miCLIP)構(gòu)建疾病細(xì)胞模型或者發(fā)病組織的m6A修飾譜,分析m6A的motif,peaks數(shù)量及分布,Peak關(guān)聯(lián)基因的特征,聯(lián)合RNA-seq研究m6A甲基化與表達(dá)的關(guān)系。m6A研究思路方案一方案二研究案例1、.(IF=)為研究ALKBH5的m6A作用機(jī)制,作者利用芯片和m6A-seq篩選到膠質(zhì)瘤增殖相關(guān)的FOXM1,通過qPCR、WB、免疫熒光、核質(zhì)分離WB/qPCR、RIP和MeRIP等實(shí)驗(yàn)證明ALKBH5通過去甲基化調(diào)節(jié)FOXM1在GSCs中的表達(dá)。為研究ALKBH5對FOXM1的作用是否受其他因子的調(diào)節(jié),作者研究了FOXM1的鄰近基因,發(fā)現(xiàn)lncRNAFOXM1-AS與FOXM1序列互補(bǔ),且共表達(dá)、共定位,進(jìn)一步通過RIP,RNApulldown等實(shí)驗(yàn)證明lncRNAFOXM1-AS促進(jìn)ALKBH5和FOXM1初級轉(zhuǎn)錄本的相互作用。通過細(xì)胞實(shí)驗(yàn)進(jìn)一步驗(yàn)證ALKBH5在lncRNAFOXM1-AS的作用下維持FOXM1的表達(dá)和細(xì)胞增殖,從而維持GSCs的干性。圖3ALKBH5敲除細(xì)胞中m6A修飾的特征和基因表達(dá)的變化2、RNAN6-methyladenosinemethyltransferaseMETTL3promoteslivercancerprogressionHepatology,2017.(IF=)表觀遺傳改變極大地促進(jìn)了人類癥的發(fā)生。傳統(tǒng)的表觀遺傳研究主要集中在DNA甲基化,組蛋白修飾和染色質(zhì)重構(gòu)。近。細(xì)胞是生命的基本單位,所有生物體都是由一個或多個細(xì)胞組成的。下面就跟著上海東寰一起看看吧。山西乳鼠科研技術(shù)服務(wù)技術(shù)
如胰腺,一般取胰島較多的胰腺尾部;肺應(yīng)取有細(xì)支氣管及帶有軟骨片的小支氣管部。如果實(shí)驗(yàn)需進(jìn)行多樣本的采集,采集順序應(yīng)按照:消化,神經(jīng)系統(tǒng),皮膚,肌肉等的順序進(jìn)行。選好塊的切面。熟悉某些成分安排,然后決定其切面的走向;如一長管狀以橫切面較好。切除不需要的部分。特別是周圍的脂肪等,應(yīng)盡可能掉,否則給固定、脫水、浸蠟、切片等帶來一些不必要的問題。樣品的固定(1)固定的方法:①小塊固定法:從動物取下的小塊,立即置入液態(tài)固定劑(這是應(yīng)用經(jīng)常的方法)。②注射/灌注固定法:某些塊由于體積過大或固定液極難滲入內(nèi)部或需要對整個臟器或整個動物進(jìn)行固定,這時宜采用注射固定法,將固定液注入血管,經(jīng)血管分支到達(dá)整個和全身,從而得到充分的固定。另,空腔比如肺,肺內(nèi)含有空氣,固定液難以滲入,建議先做肺灌注,使得肺充盈滿固定液以后再進(jìn)行保存,如果空腔中氣體沒有排出,后續(xù)可能影響固定效果(沒有灌注的肺會浮在液體表面不利于固定,切片以后也會看到很多的空泡)。③蒸汽固定法:比較細(xì)小而薄的標(biāo)本,可用鋨酸或甲醛蒸汽固定。主要用于血液或細(xì)胞涂片以及某些薄膜的固定。。海南血液科研技術(shù)服務(wù)構(gòu)建了解更多關(guān)于動物模型的問題歡迎來電咨詢,如您需要,竭誠為您服務(wù)。
RNA各種可逆的化學(xué)修飾被認(rèn)為是一種新的表觀遺傳調(diào)控方式。m6A是真核生物mRNA常見的化學(xué)修飾,在調(diào)控mRNA穩(wěn)定性,剪切和翻譯方面具有重要的作用。作者使用轉(zhuǎn)錄組測序發(fā)現(xiàn)了METTL3(甲基轉(zhuǎn)移酶3),一種主要的RNAN6-腺苷-甲基轉(zhuǎn)移酶,在人肝細(xì)胞(HCC)和多種實(shí)體中高表達(dá)。在臨床上,METTL3的過度表達(dá)與肝細(xì)胞患者不良預(yù)有關(guān)。體外實(shí)驗(yàn)證明敲除METTL3會抑制HCC細(xì)胞增殖,遷移及克隆形成。體內(nèi)實(shí)驗(yàn)證明敲除METTL3會明顯抑制HCC體內(nèi)成瘤和肺轉(zhuǎn)移。另外,使用CRISPR/dCas9-VP64系統(tǒng),內(nèi)源性高表達(dá)METTL3會促進(jìn)HCC細(xì)胞在體外和體內(nèi)生長。通過轉(zhuǎn)錄組測序、m6A-Seq、MeRIP-PCR,作者確定了SOCS2(細(xì)胞因子信號2的抑制因子)作為METTL3介導(dǎo)的m6A修飾的下游靶基因。敲除METTL3表達(dá)會消除SOCS2mRNAm6A修飾并增強(qiáng)SOCS2mRNA表達(dá)。m6A介導(dǎo)的SOCS2mRNA降解是依賴于m6A“讀取器”蛋白YTHDF2??傊琈ETTL3在HCC大部分高表達(dá)中,并通過m6A-YTHDF2依賴機(jī)制抑制SOCS2表達(dá)從而促進(jìn)HCC進(jìn)展。因此,作者發(fā)現(xiàn)了在肝發(fā)生過程中表觀遺傳改變的一種新機(jī)制。圖4RNA甲基化轉(zhuǎn)移酶METLLT3在肝組織中高表達(dá)。
轉(zhuǎn)錄組測序結(jié)果及TCGA數(shù)據(jù)庫分析)圖5RNA-Seq和m6A-seq聯(lián)合鑒定SOCS2是介導(dǎo)的m6A修飾的下游靶基因PLoSOne2015,在許多不同種類的RNA中,都已觀察到N6-腺苷(m6A)的甲基化,但其在microRNAs中還沒有被研究。研究者在FTO1C1,FTO2D4和FTO3C3細(xì)胞系中,通過敲除m6A甲基轉(zhuǎn)移酶FTO篩選到表達(dá)差異的microRNA,說明miRNA受m6A甲基化的調(diào)控。進(jìn)一步通過MeRIP-Seq發(fā)現(xiàn)相當(dāng)一部分的microRNA具有m6A修飾。通過motif分析,他們發(fā)現(xiàn)了區(qū)分甲基化和非甲基化microRNA的一致序列。該文章所述的表觀遺傳修飾在基因表達(dá)的轉(zhuǎn)錄調(diào)控的復(fù)雜性上增加了一個新的層次。圖FTO敲除對甲基化的miRNAs的穩(wěn)定狀態(tài)的影響。參考文獻(xiàn)Y,DominissiniD,RechaviG,HeC:Geneexpressionregulationmediatedthroughreversiblem(6)(5):'(1):(12):(6):(1):(1):(uridine)(41):(6)(7540):(1):(7481):(4):(6)A-LAIC-seqrevealsthecensusandcomplexityofthem(6)(8):'UTRm(6)(4):(7544):(6)(6):(5):(7667):(2):"">panstyle="color:#f5c81c;">xiainducesthebreastcancerstemcellphenotypebyHIF-dependentandALKBH5-mediatedm(6)(14):"">panstyle="color:#f5c81c;">(40):(6)(3):(1):(1):(4):(11):。動物疾病模型還為科研人員提供了研究人類疾病的跨學(xué)科方法。
動物模型在科研中有著普遍的應(yīng)用。首先,它們可以幫助科研人員深入理解的共同性,即不同物種之間存在的共有理變化過程。通過對動物模型的研究,科研人員可以更清楚地了解的發(fā)展過程和機(jī)制,為人類的檢查提供理論依據(jù)。其次,動物模型還為新研發(fā)和苗測試提供了的平臺。在研發(fā)過程中,科研人員可以通過對動物模型進(jìn)行處理,觀察其和副作用,為新的臨床試驗(yàn)提供依據(jù)。而在苗測試中,動物模型則可以用來評估苗的性和安全性。此外,動物模型還為科研人員提供了研究人類的跨學(xué)科方法。例如,通過比較人類和動物模型的基因組學(xué)、蛋白質(zhì)組學(xué)等數(shù)據(jù),可以發(fā)現(xiàn)與發(fā)生相關(guān)的關(guān)鍵基因和蛋白質(zhì),從而為的和檢查提供新的思路。雖然動物模型在科研中發(fā)揮了巨大的作用,但也存在一些挑戰(zhàn)。首先,由于物種差異的存在,動物模型的表現(xiàn)與人類可能存在差異,因此需要謹(jǐn)慎使用。此外,動物模型的倫理問題也不容忽視,科研人員需要在符合倫理規(guī)定的前提下進(jìn)行相關(guān)研究。盡管存在挑戰(zhàn),動物模型的發(fā)展前景仍然值得期待。隨著科技的不斷進(jìn)步,科研人員將能夠開發(fā)出更為精確、實(shí)用的動物模型??梢园l(fā)現(xiàn)與疾病發(fā)生相關(guān)的關(guān)鍵基因和蛋白質(zhì),從而為疾病的預(yù)防和檢查提供新的思路。天津小鼠科研技術(shù)服務(wù)實(shí)驗(yàn)
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