逆轉(zhuǎn)錄實(shí)驗(yàn)的準(zhǔn)備工作:1、實(shí)驗(yàn)器具與材料:(1)移液頭:200ul、10ul;(2)吸頭:200ul、20ul;(3)EP管1。5ml、100ul;(4)水浴箱。2、實(shí)驗(yàn)器具的處理與準(zhǔn)備,塑料制品:(包括吸頭、EP管等)將塑料制品逐個(gè)浸泡于1‰DEPC水中(必要時(shí)小頭頭需要用吸管打入DEPC水)37℃過夜,然后送至高壓3次,后在80℃烘烤箱中烘干(或置于37℃中8小時(shí)左右烘干),試驗(yàn)前將頭頭放入吸頭臺(tái)。3、試劑配制和準(zhǔn)備:(1)DEPC水:泡實(shí)驗(yàn)器具的DEPC水的配制:1000ml雙蒸水中加1mlDEPC,放在1000ml容量瓶中靜置4小時(shí)后備用。逆轉(zhuǎn)錄中所用的DEPC水的配制:100ml鹽水瓶內(nèi)裝40ml雙蒸水,加40ulDEPC,37℃過夜,送至高壓,后分裝到幾個(gè)1。5mlEP管中,-20℃中保存?zhèn)溆?。?)RT中所需要的各種試劑。逆轉(zhuǎn)錄是以RNA為模板合成DNA的過程,即RNA指導(dǎo)下的DNA合成。重慶一體化逆轉(zhuǎn)錄蛋白檢測
逆轉(zhuǎn)錄引物:加尾法逆轉(zhuǎn)錄引物的結(jié)構(gòu)并不是想象中那么簡單的oligodT,其包含三個(gè)關(guān)鍵結(jié)構(gòu):①為了與PolyA序列互補(bǔ)配對,OligodT序列必不可少。②在OligodT序列的5端,存在一段通用序列,用于qPCR過程中反向引物與cDNA的結(jié)合。③OligodT序列的3端存在一個(gè)或兩個(gè)錨定堿基,V或者VN。(兼并堿基,V表示A、G或C,N表示ATCG中的任意一種)。如果沒有錨定堿基,逆轉(zhuǎn)錄引物中的OligodT就會(huì)隨機(jī)結(jié)合到PolyA的任意位置,這樣會(huì)造成同一miRNA的逆轉(zhuǎn)錄產(chǎn)物長度不一,給較后的熔解曲線檢測帶來麻煩。因此,錨定堿基的作用就是特異性地結(jié)合到miRNA上,從而讓逆轉(zhuǎn)錄引物結(jié)合到緊挨著miRNA的那段PolyA序列上。只有這樣,才能夠保證同一miRNA的逆轉(zhuǎn)錄產(chǎn)物大小相同。重慶一體化逆轉(zhuǎn)錄蛋白檢測逆轉(zhuǎn)錄酶是逆轉(zhuǎn)錄過程中的重要酶類。
逆轉(zhuǎn)錄的過程:生物體中的逆轉(zhuǎn)錄過程就比較復(fù)雜,比如逆轉(zhuǎn)錄病毒(retrovirus)。病毒是真正的“極簡風(fēng)”,所有東西都?jí)嚎s到非常。比如它的基因組中,經(jīng)常有些基因是重疊、嵌套結(jié)構(gòu),充分利用每一個(gè)堿基。所以它也不會(huì)專門編碼一個(gè)引發(fā)酶來合成引物,它一般是在組裝時(shí)帶走宿主的tRNA,在下次侵染時(shí)當(dāng)作引物使用。被用作引物的tRNA會(huì)結(jié)合在病毒基因組RNA鏈的中間,所以首先次只能合成出一部分cDNA,然后利用基因組RNA兩端的一段重復(fù)序列,“跳”回另一端,完成整條鏈的逆轉(zhuǎn)錄。之后水解RNA鏈的時(shí)候,會(huì)留下一些片段作為復(fù)制的引物。雙鏈DNA的合成同樣也需要經(jīng)過一次跳躍(jump),以合成完整雙鏈。較后兩端具有相同的序列,稱為長末端重復(fù)(longterminalrepeats,LTR)。LTR不只包含跳躍時(shí)用來配對的序列,還有整合信號(hào)、啟動(dòng)子、增強(qiáng)子、polyA位點(diǎn)等重要結(jié)構(gòu)。
逆轉(zhuǎn)錄實(shí)驗(yàn)過程中要注意RNA樣品的保存、純化、處理和轉(zhuǎn)錄酶的選擇,逆轉(zhuǎn)錄實(shí)驗(yàn)前要對反應(yīng)體系進(jìn)行無RNA和無反轉(zhuǎn)錄酶的對照。多逆轉(zhuǎn)錄酶都具有多種酶活性,主要包括以下幾種活性。①RNA指導(dǎo)的DNA聚合酶活性;以RNA為模板,催化dNTP聚合成DNA的過程。此酶需要RNA為引物,多為色氨酸的tRNA,在引物tRNA3′-末端以5′→3′方向合成DNA。反轉(zhuǎn)錄酶中不具有3′→5′外切酶活性,因此沒有校正功能,所以由反轉(zhuǎn)錄酶催化合成的DNA出錯(cuò)率比較高。②RNaseH活性;由反轉(zhuǎn)錄酶催化合成的cDNA與模板RNA形成的雜交分子,將由RNaseH從RNA5′端水解掉RNA分子。逆轉(zhuǎn)錄活性可以RNA為模板,合成與其序列互補(bǔ)的DNA鏈,生成DNA-RNA雜合雙鏈。
miRNA的加尾法逆轉(zhuǎn)錄和qPCR,miRNA加尾法逆轉(zhuǎn)錄:增加miRNA逆轉(zhuǎn)錄產(chǎn)物長度較直接的方法就是增加miRNA的長度,即在miRNA的3端后面添加一段序列,然后進(jìn)行逆轉(zhuǎn)錄反應(yīng)。因此,加尾法是由兩個(gè)酶共同作用完成的,它們分別是PolyA聚合酶和逆轉(zhuǎn)錄酶。PolyA聚合酶負(fù)責(zé)給miRNA加上PolyA尾,增加其長度。之后逆轉(zhuǎn)錄引物結(jié)合到PolyA序列上,由逆轉(zhuǎn)錄酶完成加長版cDNA的合成。miRNA的加尾法逆轉(zhuǎn)錄和qPCR中的qPCR:miRNA熒光定量PCR的過程跟普通mRNA的相似,但由于加尾法逆轉(zhuǎn)錄產(chǎn)物的5端均為通用序列,因此其qPCR反向引物都是相同的(通用引物R),不同的是根據(jù)miRNA序列設(shè)計(jì)的正向引物。正向引物的特異性就變得非常重要。對于內(nèi)參,生工生物的miRNA加尾法首先鏈cDNA合成試劑盒(B532451)中內(nèi)置了內(nèi)參U6的正向引物,使用該引物與通用引物R即可進(jìn)行內(nèi)參U6的擴(kuò)增。逆轉(zhuǎn)錄酶通常具有多種活性,如逆轉(zhuǎn)錄活性、復(fù)制活性與RNA酶H活性。武漢快速逆轉(zhuǎn)錄哪家專業(yè)
逆轉(zhuǎn)錄過程的揭示是分子生物學(xué)研究中的重大發(fā)現(xiàn),是對中心法則的重要修正和補(bǔ)充。重慶一體化逆轉(zhuǎn)錄蛋白檢測
加尾法逆轉(zhuǎn)錄的較大特點(diǎn)在于:對于抽提純化的miRNA,進(jìn)行無差別加尾。因此,如果用戶需要對樣本中的多個(gè)miRNA進(jìn)行考察,一次逆轉(zhuǎn)錄即可完成對所有qPCR模板的制備。qPCR引物方面,miRNA以及內(nèi)參的反向引物都是通用引物R,不同的只是正向引物。因此在設(shè)計(jì)加尾法miRNA的qPCR引物時(shí),只需設(shè)計(jì)特異性正向引物即可,正向引物的特異性直接決定了實(shí)驗(yàn)結(jié)果的好壞。總之,加尾法適合對樣本中多個(gè)miRNA的快速檢測。引物設(shè)計(jì)簡單,但有非特異性的風(fēng)險(xiǎn)。由于其特殊的加PolyA機(jī)制,因此miRNA加尾法逆轉(zhuǎn)錄是無法只通過常規(guī)的mRNA逆轉(zhuǎn)錄試劑盒完成的。重慶一體化逆轉(zhuǎn)錄蛋白檢測