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cDNA合成逆轉(zhuǎn)錄混合蛋白質(zhì)提取

來(lái)源: 發(fā)布時(shí)間:2023-09-03

反轉(zhuǎn)錄酶(reversetranscriptase,也可寫(xiě)成逆轉(zhuǎn)錄酶)又稱(chēng)為依賴(lài)RNA的DNA聚合酶。1970年Temin等在致死RNA病毒中發(fā)現(xiàn)了一種特殊的DNA聚合酶,該酶以RNA為模板,以dNTP為底物,tRNA(主要是色氨酸t(yī)RNA)為引物,在tRNA3'-OH末端上,根據(jù)堿基配對(duì)的原則,按5'-3'方向合成一條與RNA模板互補(bǔ)的DNA單鏈,這條DNA單鏈叫做互補(bǔ)DNA(complementaryDNA,CDNA)。反轉(zhuǎn)錄酶(Reversetranscriptase)是以RNA為模板指導(dǎo)三磷酸脫氧核苷酸合成互補(bǔ)DNA(cDNA)的酶。哺乳類(lèi)C型病毒的反轉(zhuǎn)錄酶和鼠類(lèi)B型病毒的反轉(zhuǎn)錄酶都是一條多肽鏈。鳥(niǎo)類(lèi)RNA病毒的反轉(zhuǎn)錄酶則由兩上亞基結(jié)構(gòu)。真核生物中也都分離出具有不同結(jié)構(gòu)的反轉(zhuǎn)錄酶。逆轉(zhuǎn)錄的目的是將RNA變?yōu)镈NA,便于PCR擴(kuò)增。cDNA合成逆轉(zhuǎn)錄混合蛋白質(zhì)提取

反轉(zhuǎn)錄酶的選擇:反轉(zhuǎn)錄酶(Reversetranscriptase)又稱(chēng)逆轉(zhuǎn)錄酶。是以RNA為模板指導(dǎo)dNTP合成互補(bǔ)DNA(cDNA)的酶。一部分反轉(zhuǎn)錄酶具有RNA酶活性,能夠在轉(zhuǎn)錄后降解RNA-DNA雜交鏈中的RNA鏈。如果反轉(zhuǎn)錄酶沒(méi)有Rnase酶活性,可加入RNaseH來(lái)獲得更高的qPCR效率。常用的酶包括Money鼠白血病病毒(MMLV)反轉(zhuǎn)錄酶和禽成髓細(xì)胞瘤病毒(AMV)反轉(zhuǎn)錄酶。依據(jù)RT-PCR,理想的狀態(tài)下是選擇具有較高熱穩(wěn)定性的反轉(zhuǎn)錄酶,cDNA的合成才能在較高的溫度下進(jìn)行,確保成功轉(zhuǎn)錄具有較高二級(jí)結(jié)構(gòu)的RNA,并確保在整個(gè)反應(yīng)過(guò)程中的全部活性,從而得到質(zhì)量更高的cDNA。cDNA合成逆轉(zhuǎn)錄混合蛋白質(zhì)提取逆轉(zhuǎn)錄實(shí)驗(yàn)在反應(yīng)前應(yīng)將各反應(yīng)試劑混勻,避免試劑沉淀或剪切。

逆轉(zhuǎn)錄PCR的用途普遍,可用于分析基因的轉(zhuǎn)錄產(chǎn)物、檢測(cè)細(xì)胞中RNA病毒的含量、合成cDNA探針、直接克隆特定基因的cDNA序列等。如在臨床上RT-PCR可以用于遺傳病診斷、病癥檢測(cè)、檢測(cè)病人標(biāo)本中的RNA病毒,如HAV、HCR、HIV等。在植物方面RT-PCR常用于研究環(huán)境脅迫對(duì)植物基因表達(dá)的影響,以及在特定的環(huán)境或生長(zhǎng)階段中植物體不同部位基因表達(dá)的差異性。使用RT-PCR檢測(cè)分析RNA轉(zhuǎn)錄產(chǎn)物具有以下突出的優(yōu)點(diǎn):理論上可以檢測(cè)幾乎任何基因的轉(zhuǎn)錄產(chǎn)物;可以實(shí)現(xiàn)極為微量RNA樣品(ng級(jí)別)的檢測(cè);樣品耐受性好,未經(jīng)純化的粗制生物樣品也可以用于檢測(cè)。

逆轉(zhuǎn)錄酶還有DNA內(nèi)切酶活性,這可能與病毒基因整合到宿主細(xì)胞染色體DNA中有關(guān)。逆轉(zhuǎn)錄酶的發(fā)現(xiàn)對(duì)于遺傳工程技術(shù)起了很大的推動(dòng)作用,它已成為一種重要的工具酶。用組織細(xì)胞提取mRNA并以它為模板,在逆轉(zhuǎn)錄酶的作用下,合成出互補(bǔ)的cDNA,由此可構(gòu)建出cDNA文庫(kù)(cDNAlibrary),從中篩選特異的目的基因,這是在基因工程技術(shù)中較常用的獲得目的基因的方法。簡(jiǎn)要過(guò)程表示:逆轉(zhuǎn)錄酶的作用是以dNTP為底物,以RNA為模板,tRNA(主要是色氨酸t(yī)RNA)為引物,在tRNA3'-末端上,按5'→3'方向,合成一條與RNA模板互補(bǔ)的cDNA單鏈,它與RNA模板形成RNA-cDNA雜交體。隨后又在反轉(zhuǎn)錄酶的作用下,水解掉RNA鏈,再以cDNA為模板合成第二條DNA鏈。至此,完成由RNA指導(dǎo)的DNA合成過(guò)程。病毒復(fù)制方式:逆轉(zhuǎn)錄病毒(屬于RNA病毒):RNA→DNA→RNA。擬逆轉(zhuǎn)錄病毒(屬于DNA病毒):DNA→RNA→DNA。逆轉(zhuǎn)錄在病毒學(xué)、免疫學(xué)等領(lǐng)域有普遍的應(yīng)用。

逆轉(zhuǎn)錄實(shí)驗(yàn)的準(zhǔn)備工作:1、實(shí)驗(yàn)器具與材料:(1)移液頭:200ul、10ul;(2)吸頭:200ul、20ul;(3)EP管1。5ml、100ul;(4)水浴箱。2、實(shí)驗(yàn)器具的處理與準(zhǔn)備,塑料制品:(包括吸頭、EP管等)將塑料制品逐個(gè)浸泡于1‰DEPC水中(必要時(shí)小頭頭需要用吸管打入DEPC水)37℃過(guò)夜,然后送至高壓3次,后在80℃烘烤箱中烘干(或置于37℃中8小時(shí)左右烘干),試驗(yàn)前將頭頭放入吸頭臺(tái)。3、試劑配制和準(zhǔn)備:(1)DEPC水:泡實(shí)驗(yàn)器具的DEPC水的配制:1000ml雙蒸水中加1mlDEPC,放在1000ml容量瓶中靜置4小時(shí)后備用。逆轉(zhuǎn)錄中所用的DEPC水的配制:100ml鹽水瓶?jī)?nèi)裝40ml雙蒸水,加40ulDEPC,37℃過(guò)夜,送至高壓,后分裝到幾個(gè)1。5mlEP管中,-20℃中保存?zhèn)溆?。?)RT中所需要的各種試劑。逆轉(zhuǎn)錄經(jīng)常與細(xì)胞惡性轉(zhuǎn)化有關(guān),艾滋、乙肝等很多疾病也有逆轉(zhuǎn)錄過(guò)程。cDNA合成逆轉(zhuǎn)錄混合蛋白質(zhì)提取

逆轉(zhuǎn)錄酶還有DNA內(nèi)切酶活性,這可能與病毒基因整合到宿主細(xì)胞染色體DNA中有關(guān)。cDNA合成逆轉(zhuǎn)錄混合蛋白質(zhì)提取

RT-PCR逆轉(zhuǎn)錄引物設(shè)計(jì)原則:1.上下游引物要保守:擴(kuò)增子長(zhǎng)度需選擇一段保守片段(100-200bp)進(jìn)行PCR擴(kuò)增,選擇片段需跨越內(nèi)含子,因內(nèi)含子的基因組DNA序列不會(huì)被擴(kuò)增,也可減少?gòu)奈廴镜幕蚪MDNA中擴(kuò)增得到的假陽(yáng)性風(fēng)險(xiǎn)。引物選取同樣需要保守。2.引物長(zhǎng)度和Tm值:引物設(shè)計(jì)長(zhǎng)度為18-25bp,Tm值在50-65℃之間,引物中GC含量在40-60%。設(shè)計(jì)引物時(shí)盡量避免出現(xiàn)4個(gè)或超過(guò)4個(gè)G堿基。RT-PCR實(shí)驗(yàn)陰性對(duì)照:反轉(zhuǎn)錄陰性對(duì)照應(yīng)包括在所有的RT-PCR的實(shí)驗(yàn)中,用來(lái)檢測(cè)DNA是否污染(如基因組DNA或PCR產(chǎn)物)。該對(duì)照所指不加反轉(zhuǎn)錄酶,通過(guò)反轉(zhuǎn)錄過(guò)程得到cDNA在進(jìn)行熒光定量PCR檢測(cè)。如檢測(cè)到擴(kuò)增,則樣本中可能含有基因組DNA污染。cDNA合成逆轉(zhuǎn)錄混合蛋白質(zhì)提取

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