miRNA的加尾法逆轉(zhuǎn)錄和qPCR,miRNA與mRNA不同,成熟的miRNA的長度只有20nt左右,非常短,通常正向引物就足以覆蓋其全長甚至有余,反向引物就無處安放了。那么如何實(shí)現(xiàn)miRNA的qPCR擴(kuò)增呢?解決方案就是在逆轉(zhuǎn)錄的時(shí)候設(shè)法增加逆轉(zhuǎn)錄產(chǎn)物長度。普遍的方法有兩種,加尾法和莖環(huán)法。經(jīng)過加尾法或莖環(huán)法這種特殊的逆轉(zhuǎn)錄形式處理之后,得到的cDNA長度從原始的20nt增加到80nt以上,這樣就能夠?qū)崿F(xiàn)miRNA的qPCR擴(kuò)增了。RNA逆轉(zhuǎn)錄實(shí)驗(yàn)注意事項(xiàng):選擇合適的引物:但其對RNA的完整度和二級(jí)結(jié)構(gòu)的要求較高,而且不適用于原核生物。隨機(jī)引物可以根據(jù)堿基情況結(jié)合到幾乎所有的RNA上,包括mRNA、tRNA和rRNA。逆轉(zhuǎn)錄可改變RNA的信息內(nèi)容,為研究RNA功能提供基礎(chǔ)。成都加尾法逆轉(zhuǎn)錄酶制造商
RT-PCR逆轉(zhuǎn)錄中模板的選擇:在RT-PCR實(shí)驗(yàn)中,選擇總RNA或純化的mRNA作為模板進(jìn)行逆轉(zhuǎn)錄十分重要。mRNA雖然能提供略高的靈敏度,但總RNA經(jīng)常使用,具有較mRNA更重要的優(yōu)勢。首先,其過程需要較少的純化流程,這保證了更好的回收模板和更好的把結(jié)果標(biāo)準(zhǔn)化為起始的細(xì)胞數(shù)。第二,避免mRNA富集步驟,為了避免不同mRNA的回收率而帶來結(jié)果偏移的可能性??傊?,在大多數(shù)的應(yīng)用中,目標(biāo)基因的相對定量比檢測的非常靈敏度更重要,因此在多數(shù)情況下,總RNA更適用。成都加尾法逆轉(zhuǎn)錄酶制造商逆轉(zhuǎn)錄酶還有DNA內(nèi)切酶活性,這可能與病毒基因整合到宿主細(xì)胞染色體DNA中有關(guān)。
miRNA逆轉(zhuǎn)錄莖環(huán)法:首先需要進(jìn)行RNA樣品制備,可選的方法有:離心柱法抽提(不必去除gDNA);傳統(tǒng)Trizol法抽提(需要去除gDNA)。miRNA正向引物:需要分別設(shè)計(jì)。是否采用通用引物視情況而定,正向引物與通用反向引物不會(huì)形成二聚體時(shí)才能用。取200ul的PCR管,根據(jù)所得每組RNA的濃度C,每孔加入1000ng總RNA,按公式1000ng/C計(jì)算出所需RNA的體積x。然后按建議的20μL反應(yīng)體系說明,依次向200μL的PCR管內(nèi)加入下列試劑:加樣結(jié)束后,移液器吹打混勻,低速離心數(shù)秒。將逆轉(zhuǎn)錄PCR管放入PCR擴(kuò)增儀內(nèi),調(diào)整參數(shù):37℃15min(反轉(zhuǎn)錄反應(yīng)),85℃5s(反轉(zhuǎn)錄酶的失活反應(yīng)),4℃∞。反應(yīng)結(jié)束后根據(jù)實(shí)驗(yàn)需要進(jìn)行熒光定量PCR或放入-20℃冰箱保存。說明:此處可以選擇U6下游引物作為U6的逆轉(zhuǎn)錄引物,注意相應(yīng)地調(diào)整無酶水的體積和反應(yīng)溫度。
逆轉(zhuǎn)錄實(shí)驗(yàn)步驟:用SSⅢ逆轉(zhuǎn)錄酶進(jìn)行RT(20ul體積)1、準(zhǔn)備0、65ml的EP管。2、冰上操作:在EP管中加入10ulDEPC水,1ul引物,1ul模板RNA,1uldNTP,短暫離心。3、65℃水浴5分鐘后,立刻0℃冰水浴至少1分鐘。4、短暫離心后,冰上操作:加入4ul5×First-StrandBuffer,1ul0.1MDTT,1ulRNAseInhibitor,1ulSSⅢ逆轉(zhuǎn)錄酶。5、短暫離心。6、50℃水浴60分鐘進(jìn)行逆轉(zhuǎn)錄。7、70℃水浴15分鐘滅活逆轉(zhuǎn)錄酶。8、-20℃保存,或立即進(jìn)行PCR。MCERTmix含有比例優(yōu)化的Oligo(dT)和RandomPrimers,使cDNA合成可從RNA轉(zhuǎn)錄本的各個(gè)區(qū)域起始,并具有相同的逆轉(zhuǎn)錄效率,較大程度保證qPCR結(jié)果的真實(shí)性和可重復(fù)性。逆轉(zhuǎn)錄實(shí)驗(yàn)過程中避免光照,防止RNA樣品和試劑受光降解或刺激。
逆轉(zhuǎn)錄過程是病毒的復(fù)制形式之一,如RNA病毒中的逆轉(zhuǎn)錄病毒,DNA病毒中的擬逆轉(zhuǎn)錄病毒的復(fù)制均需要經(jīng)過逆轉(zhuǎn)錄。逆轉(zhuǎn)錄過程在真核細(xì)胞中也同樣存在,例如逆轉(zhuǎn)座子和端粒DNA的延長均存在逆轉(zhuǎn)錄過程,需逆轉(zhuǎn)錄酶的催化,端粒酶即為真核細(xì)胞中的逆轉(zhuǎn)錄酶。逆轉(zhuǎn)錄過程的揭示是分子生物學(xué)研究中的重大發(fā)現(xiàn),是對中心法則的重要修正和補(bǔ)充。人們通過體外模擬該過程,以樣本中提取的mRNA為模板,在逆轉(zhuǎn)錄酶的作用下,合成出互補(bǔ)的cDNA,構(gòu)建cDNA文庫,并從中篩選特異的目的基因。該方法已成為基因工程技術(shù)中較常用的獲得目的基因的策略之一。逆轉(zhuǎn)錄過程由逆轉(zhuǎn)錄酶催化,此酶也稱依賴RNA的DNA聚合酶,即以RNA為模板催化DNA鏈的合成。西安彩色逆轉(zhuǎn)錄酶
逆轉(zhuǎn)錄是蛋白質(zhì)的先導(dǎo)RNA的合成方式。成都加尾法逆轉(zhuǎn)錄酶制造商
逆轉(zhuǎn)錄的端粒復(fù)制:對于線性基因組,其滯后鏈的末端是無法完整復(fù)制的,每次約損失30-200個(gè)核苷酸(Cells.2020Feb22;9(2).)。這樣隨著細(xì)胞分裂,端粒會(huì)持續(xù)縮短,造成復(fù)制性衰老。對于大多數(shù)體細(xì)胞來說,端粒磨損是一種控制其分裂潛力的機(jī)制,但對于需要多次增殖的干細(xì)胞來說,必須設(shè)法維持端粒長度。端粒酶(telomerase)可以通過逆轉(zhuǎn)錄過程延長端粒。端粒酶由端粒酶RNA(TERC)和端粒酶逆轉(zhuǎn)錄酶(TERT)組成。TERT使用TERC作為模板,在染色體的單鏈末端合成端粒DNA的重復(fù)序列。大多數(shù)體細(xì)胞缺乏端粒酶活性,因而容易衰老。但未分化的生殖細(xì)胞,干細(xì)胞,活化的淋巴細(xì)胞和大多數(shù)疙瘩細(xì)胞具有高水平的端粒酶活性,可以克服端粒磨損并維持無限的細(xì)胞分裂。成都加尾法逆轉(zhuǎn)錄酶制造商
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